Další osudy děkanské knihovny Františka Vetešníka jsou úzce provázány s postavami jeho nástupců a zhoršující se hospodářskou situací soboteckého beneficia. Po Vetešníkově smrti přešla jeho knihovna jako celek na základě poslední vůle zemřelého do vlastnictví děkanství v Sobotce, díky čemuž byla ušetřena roztříštění, jako tomu bylo v případě nejedné farní knihovny po úmrtí faráře. Podle inventáře vyhotoveného jen několik měsíců po Vetešníkově úmrtí čítala na 608 děl o 1781 svazcích.

Knihovně se dostalo náležité péče i za působení Vetešníkova nástupce, děkana Jana Palánka (1793–1882), kdy byl dohledem nad knihovnou pověřen kaplan Jan Folprecht (1829–1896), který tak vystřídal stávajícího správce knihovny a kaplana Damiána Šimůnka. Palánek v akviziční činnosti navázal na svého předchůdce a knihovnu doplnil o další svazky, předně však roku 1878 provedl revizi děkanské knihovny, která odhalila chybějící knihy. Děkanská knihovna v té době nicméně fungovala podobně jako za děkana Vetešníka,
takže když byla během soboteckých oslav Václava Šolce ve dnech 29.–30. srpna 1880 zpřístupněna k nahlédnutí širší veřejnosti, obsahovala zřejmě většinu knih nashromážděných Františkem Vetešníkem.

Éra Palánkových nástupců je bohužel spojena s chátráním kostela a úpadkem Vetešníkovy knihovny, kdy došlo ke ztrátě, odcizení, případně rozprodání dalších svazků. Když počátkem 80. let navštívil publicista Josef Ladislav Turnovský (1838–1901) při práci na své knize Putování po vlasti město Sobotku, zaznamenal tristní stav kostela i hrozbu jeho uzavření kvůli riziku zřícení: „Zdá se, že bude nutno uzavříti kostel zcela a čekati, až se celá stavba nadobro zřítí a pohřbí v svých troskách nejednu vzácnost i cennou knihovnu děkana Vetešníka, umístěnou v kostelní věži.“

Děkan Vojtěch Beitler (1831–1886) 302 se sice pokusil zachránit rozpadající se střechu kostela, avšak záhy došlo ke zřícení klenby, která tak musela být dočasně nahrazena dřevěným kazetovým stropem. Došlo rovněž k odstranění cechovních oltářů z obou stran chrámové lodi.

Situace se nezlepšila ani po vzniku Československé republiky za působení děkana Josefa Koláčka (1861–1919) navzdory jeho pokusům o záchranu chrámu. V tom čase se však o ohroženou děkanskou knihovnu v Sobotce spojenou se jménem Františka Vetešníka začal zajímat Státní památkový úřad podřízený Ministerstvu školství a národní osvěty. Ten se obrátil přímo na biskupství v Litoměřicích s dotazem na stav řečené knihovny, na který litoměřická biskupská konzistoř odpověděla vyhýbavě.

Počátkem 30. let 20. století byla situace již natolik alarmující, že následovalo úřední uzavření soboteckého kostela z důvodu nebezpečí úrazu.

Roku 1936 došlo k převozu části děkanské knihovny z věžních prostor kostela v Sobotce do Litoměřic a k jejímu deponování na biskupství, o čemž nejmenovaný pamětník podal v dobových novinách následující zprávu: „K chátrajícímu soboteckému chrámu přijela nákladní auta a starý, churavý děkan P. Soukal vydal knihovnu na naléhání a příslib, že bude pečlivě uložena v sídle biskupském v Litoměřicích. – To se ovšem odvážely už jen zbytky této jedinečné knihovny.“ Navzdory uskutečnění potřebných oprav kostela v letech 1936–1940 toto rozdělení Vetešníkovy knižní sbírky přetrvává dodnes.